第一步 從github下載安裝包（git bash命令行下載）：

這個其實就需要想辦法了，因為使用git bash命令行下載仍然是從github下載，如果網速超級爛，其實也不可行。這個包好幾百個M，可以使用https://gitee.com/作為中轉站：

#因為是在個人筆記本上操作，所以采用git bash命令行下載
git clone https://github.com/GreenleafLab/ArchR.git

第二步 在R里面安裝

原教程如下所示

敲入代碼：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("nabor","motifmatchr","chromVAR","ComplexHeatmap"))#依賴包的安裝
install.packages("./ArchR/",repos = NULL)

首先發現報錯：

看報錯信息，應該是參數設置出現沖突，于是嘗試將該參數去掉是否可行**（有點盲目，不可取）**

PS：其實這個時候學員的問題是，并沒有在下載ArchR-master.zip的文件夾打開rstudio，就是沒有工作環境的概念，相對路徑和絕對路徑不清楚。

結果出現新的報錯：

回顧培訓班的R包安裝知識，這個報錯可能是由于安裝包名稱錯誤或安裝命令錯誤。因為第一次嘗試本地安裝，沒有經驗，所以將問題放到了交流群里。非常開心群里助教老師馬上指出我的是命令錯誤，他建議我本地安裝，嘗試install_local命令，于是：

devtools::install_local("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR-master.zip")

結果又報了新的錯誤：

看報錯信息是依賴包安裝過程中出現錯誤，無法寫入C:/Program Files/R/R-3.6.1/library路徑？？有點懵逼。最后的報錯的“非零退出”錯誤，google了一下也有很多種可能性，陷入迷茫。。。

PS ：這個時候的無法寫入，通常是文件夾權限問題，如果沒有使用系統管理員權限打開R，就會遇到這樣的麻煩，或者安裝包的時候，可以指定安裝路徑。

于是轉回最初，希望解決一開始的install.packages參數設置問題。綜合網上的教程，嘗試了新方法：

install.packages("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR/",repos = NULL, type="source")

Bingo！

這里兩個參數均很重要！路徑也可以用Tab鍵補全，以減少錯誤。 

注意

本地安裝很多時候無法成功，是因為R包之間的依賴性很強，所以學會看報錯信息，會提示有什么包未安裝，則先安裝依賴的包再繼續。

看到有方法可以查看某個包的依賴包，就是getDependencies函數：

install.packages("gtools")
library(gtools)
getDependencies("ArchR") 

但這個方法對于像ArchR這樣剛開發出來的包并不適用，還是得學會看報錯信息。