ChAMP R包安裝中的事故案例

這篇文章主要介紹了ChAMP R包安裝中的事故案例，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安裝一樣，代碼只有簡單的兩行

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChAMP")

我用的電腦是windows 操作系統，64位的R-3.4.3，安裝過程中除了網速較慢，花費一點時間安裝之外，并沒有出現任何的問題。在加載的時候，卻發生了如下的錯誤

錯誤: package or namespace load failed for 'ChAMP' in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...):
 無法載入共享目標對象‘D:/work/R-3.4.3/library/mvtnorm/libs/x64/mvtnorm.dll’：:
  `已達到了DLL數目的上限...

錯誤信息的意思很明顯，達到了dll 文件的上限。那么默認的上限是多少呢？

google了好久，終于找到了解決方案。dll 文件就是windows操作系統下的動態鏈接庫，在加載R包的過程中，如果這個R包有對應的動態鏈接庫，那么就會加載進來。默認情況下最多允許加載100個動態鏈接庫，當你需要加載的動態鏈接庫超過了100時，就會出現上面的報錯信息。

解決方案就是設置環境變量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系統，R語言對應的環境變量都可以在.Renviron文件中進行設置。

這個文件可以保存在任意目錄下，文件中就一句話，內容如下

R_MAX_NUM_DLLS=500

500表示允許的最多的dll文件數目，設置好之后，重新啟動R, 然后輸入如下命令

normalizePath("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE)

第一個參數為.Renviron文件的真實路徑，然后在加載ChAMP包就可以了

>> Package version 2.9.9 loaded <<
       ___ _      _   __  __ ___ 
      / __| |_   /_\ |  \/  | _ \
     | (__| ' \ / _ \| |\/| |  _/
      \___|_||_/_/ \_\_|  |_|_|  
      ------------------------------

出現上述的歡迎界面，就代表加載成功了。

ChAMP的功能確實是更加的強大和完整，同時也意味它的依賴包會特別的多，從而出現dll文件達到上限的錯誤。

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“ChAMP R包安裝中的事故案例”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!