如何進行aCGH芯片分析

本篇文章給大家分享的是有關如何進行aCGH芯片分析，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

aCGH芯片是一種雙色芯片，通過紅綠兩種熒光的比值，通常稱之為log2 ratio, 來反應測試樣本相對對照樣本的DNA拷貝數變化。aCGH芯片的分析，通常包含以下三個步驟

1. 歸一化

歸一化的作用有兩個，第一個是校正系統誤差，第二個是使得不同樣本的log2 ratio可以直接比較。在aCGH芯片種，系統誤差包含以下幾種

1. intensity bias, 熒光信號強度的誤差

2. spatial bias, 空間誤差，如下圖所示，載玻片上不同位置， 即不同spot的log2 ratio值分布有差異
   

3. plate bias, 芯片上的spot分屬于不同的plate, 不同plate的log2 ratio分布也有明顯差異

4. background bias, 背景誤差，測量到的熒光強度中有一部分來自背景熒光

   
   

   
   

   原始的芯片數據只有經過了歸一化之后，才可以進行下一步分析。

2. segmentation

segmentation這一步是將基因組劃分為不重疊的區域，每個區域內的拷貝數是一致的， 如下圖所示

藍色的點代表log2 ratio值，紅色的線代表劃分好之后的區域，每個區域內的log2 ratio校正到一個統一的值，比如均值。劃分好的每個區域稱之為segment，不同區域之間的點稱之為breakpoint。

3. calling

calling的意思是分析每個segment上的拷貝數變化，根據segment片段對應的log2 ration值，只能夠得到結論，測試樣本相對對照樣本的拷貝數變化，有以下3種情況

1. normal, 拷貝數沒有發生變化, 通常用數字0表示

2. loss, 拷貝數減少，通常用數字-1表示

3. gain, 拷貝數增多，通常用數字+1表示，當增加的很多，對于二倍體，通常大于5時，稱之為amplification

   
   

分析aCGH芯片的軟件很多，不同軟件歸一化，segmention的算法會有所不同，但是分析的步驟都是上述這幾步，為了方便下游分析，有一種存儲拷貝數變異的文件格式，稱之為SEG, 內容示意如下

是一種\t分隔的穿文本格式，第一列是樣本ID, 第二列到第四列描述的是segment對應的染色體區域，第五列代表該segment區域包含的探針個數，在基于NGS的CNV分析中，這一列表示包含的bin區間的個數，第六列代表該區域內log2 ratio的均值。

以上就是如何進行aCGH芯片分析，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。