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怎么用limma包進行芯片數據差異分析

發布時間:2022-03-19 13:52:46 來源:億速云 閱讀:420 作者:iii 欄目:開發技術

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利用limma 包進行芯片數據差異分析,需要按照分組信息構建分組矩陣,基于model.matrix函數完成,獲得的分組矩陣結構類似下方顯示結果:

> design
           A B
GSM1626001 1 0
GSM1626002 1 0
GSM1626003 1 0
GSM1626010 0 1
GSM1626011 0 1
GSM1626012 0 1
attr(,"assign")
[1] 1 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$`description`
[1] "contr.treatment"

其0 1表示有無,可以理解為A組存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三個樣品,B組理解依然,整個矩陣描述了將要比較的兩組樣品情況,之后利用makeContrasts構建差異對比矩陣 以便繼續進行后續分析

      Contrasts
Levels B - A
     A    -1
     B     1

表示開始進行B相對于A組的差異表達分析

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