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腫瘤分析中的OncoMap指的是什么，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
在瀏覽CCLE中的數據時，看到了如下的突變檢測結果文件
這里的Oncomap究竟是什么呢？查詢了很多結果之后發現，OncoMap其實是一種腫瘤體細胞突變檢測平臺，該技術最早在2009年由Laura E. MacConaill等提出，相關的文章標題如下
Profiling Critical Cancer Gene Mutations in Clinical
Tumor Samples
文章鏈接如下
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2774511/pdf/PCD63A109.pdf
在當時NGS技術還沒有大規模應用到突變檢測領域，也沒有各種成熟的體細胞突變檢測算法，基本上都是針對某一個基因上體細胞突變進行鑒定和分析。為了更好的開展腫瘤體細胞突變的研究，作者提出了一種檢測腫瘤樣本mutation profile的方法，示意圖如下
大致分為以下幾個步驟
從新鮮凍存或者石蠟包埋的腫瘤組織中提取出DNA，通過質譜儀得到質譜圖
基于質譜圖， 算法自動識別突變位點的的分型結果
人工校驗，得到高可信度的突變譜
其核心是根據已知的突變位點設計芯片，在最初版本，即v1版本中，包含了來自33個腫瘤基因共460個突變位點，這項技術就稱之為oncomap, 在當時算得上是一種高通量的分型技術了，很多文章都應用該技術來研究腫瘤中的突變情況，比如下面這篇文章
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5266405/
OncoMap從發明以來，不斷改進，目前已經升級到了v4版本，CCLE數據庫中的分型結果是基于v3的，CCLE_Oncomap3_Assays_2012-04-09.csv文件中內容如下
列數很多，這里只截取了部分，每一行代表一個突變位點，第二列的方向代表了芯片檢測位點和突變位點的方向，F表示兩個位點的方向相同，位于同一條鏈上，R表示兩個位點的方向相反，位于反向互補鏈上，其他列記錄了該突變位點對應的基因，轉錄本，蛋白等信息。Oncomap可以看做是一個panel,針對已知的突變位點進行設計，和芯片類似。
關于腫瘤分析中的OncoMap指的是什么問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。
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