dbCoRC數據庫怎么用

這篇文章主要為大家展示了“dbCoRC數據庫怎么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“dbCoRC數據庫怎么用”這篇文章吧。

在人和小鼠中，已經識別到的轉錄因子有幾百種之多。眾所眾知，轉錄因子的調控作用是具有細胞或者組織特異性的，在某種特定的組織或細胞中，發揮調控功能的只是一小部分轉錄因子。

科學家通過研究發現，即使是在特定的細胞或組織中，發揮作用的轉錄因子在調控網絡中的地位也是不同的。其中有一部分轉錄因子被稱之為核心轉錄因子，這部分轉錄因子不僅僅可以調節自身的靶基因，而且可以相互調節，從而構成一條交叉調節的回路，最典型的就是胚胎干細胞中，NANOG,SOX2,POU5F1/OCT4 這幾種轉錄因子構成的調控回路。

將某種細胞或者組織中的核心轉錄因子及其調控回路稱之為core transcription regulatory circuitry, 簡稱CRC。超級增強子SE區域內包含許多轉錄因子結合位點，有科學家發明了CRC Mapper這種算法，通過超級增強子關聯的轉錄因子來識別細胞或組織中的CRC。

dbCoRC是一個核心啟動因子數據庫，通過超級增強子關聯的轉錄因子來鑒定不同組織或者細胞中的CRC。以H3K27ac作為增強子的mark, 從GEO數據庫中下載chip_seq原始數據，首先通過MACS軟件識別增強子區，然后通過ROSE軟件識別超級增強子。

識別到超級增強子之后，首先利用TRANSFAC/MEME數據庫下載轉錄因子motif信息，通過FIMO軟件進行motif scan分析，在超級增強子區域內尋找轉錄因子結結合位點。利用這種策略尋找超級增強子想關聯的轉錄因子，在此基礎上識別CRC, 完整的pipieline如下圖所示

對應的文章發表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下

https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D71/4103600

數據庫的網址如下

http://dbcorc.cam-su.org/

通過Browser菜單，可以瀏覽每個樣本中的CRC信息，示意如下

點擊樣本名稱，可以查看詳細信息，首先是給樣本中的核心轉錄因子構成的調控網絡，示意如下

其次是核心轉錄因子對應的超級增強子區域，示意如下

點擊轉錄因子的ID, 可以查看該轉因子在其他轉錄因子SE區域的結合位點，示意如下

同時還提供了該轉錄因子在TCGA等不同數據庫中的表達量信息，示意如下

dbCoRC側重于分析超級增強子區域關聯的轉錄因子間的調控關系，如果只是單純的分析超級增強子，更加推薦SEdb數據庫。

以上是“dbCoRC數據庫怎么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！