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這篇文章給大家分享的是有關MethHC數據庫怎么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
在MethHC數據庫中，提供了18種癌癥相關的DNA甲基化，microRNA表達譜和基因表達譜的數據，這里的數據來源于TCGA數據庫。同時采用線性回歸的方法計算甲基化和表達譜數據之間的關聯。
整個數據庫包含的數據匯總如下：
相比其他的甲基化數據庫，Meth有以下兩個特點：
數據來源于TCGA,同時包含了甲基化和基因表達譜以及microRNA表達譜的數據；
將基因劃分為8個區域，甲基化位點劃分為5個區域,針對單個區域計算甲基化和表達譜數據之間的相關性
基因和甲基化區域的劃分方式如下所示：
在Browse Top 250中，以單個基因為單位，查看該基因在癌癥中的甲基化情況和表達量的情況
對于甲基化數據，其表達量采用beta值來衡量；對于基因表達譜數據，定量方式為RPKM;對于microRNA的表達譜，采用RPM定量方式；通過泊松相關系數計算甲基化數據和表達譜數據之間的相關性。
以SPDYE1為例，給出所有基因區域和甲基化區域的結果
對于每個區域，會給出以下三個結果
MethHC還提供了基因檢索Gene Search的功能，可以按照兩種方式進行篩選
通過MethHC數據庫，我們可以查看基因已有的甲基化和表達譜研究結果，也可以根據癌癥類型，查看研究的較多的熱點基因。
感謝各位的閱讀！關于“MethHC數據庫怎么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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