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LeafcircBase數據庫怎么用

發布時間:2022-01-17 10:12:33 來源:億速云 閱讀:156 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要介紹LeafcircBase數據庫怎么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

LeafcircBase收錄了以下5種植物模式生物的環狀RNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Glycine max

  3. Oryza sativa

  4. Triticum aestivum

  5. Zea mays


采用以下兩款軟件來預測環狀RNA

  1. find_circ

  2. circRNA_finder


通過官網的Browse菜單,可以瀏覽不同物種對應的環狀RNA數據

LeafcircBase數據庫怎么用

以擬南芥為例,結果示意如下

LeafcircBase數據庫怎么用

點擊來源基因的名稱,可以跳轉到對應的數據庫。點擊右上角的Download按鈕,可以下載所有結果,點擊Datails可以查看環狀RNA的詳細信息,示意如下

LeafcircBase數據庫怎么用

可以看到對應的軟件。如果在其他物種中存在同源,還會列出同源環狀RNA的信息,示意如下

LeafcircBase數據庫怎么用

通過該數據庫,不僅可以查看植物中環狀RNA的信息,還可以查看在不同物種間的同源性。

該數據庫中的結果是可以下載的,在下載的excel文件中,還可以看到每個環狀RNA對應的樣本在SRA數據庫中的編號。

以上是“LeafcircBase數據庫怎么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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