如何理解超級增強子數據庫SEdb

如何理解超級增強子數據庫SEdb，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。

增強子作為基因組上的順式作用元件，在調控網絡中發揮重要作用。隨著研究的不斷深入，科學家提出了超級增強子super-enhancer的概念，將基因組上富集了增強子的區域定義為超級增強子。

類似于將富集CpG位點的區域定義為CpG島，這種將富集某種元件的區域單獨定義并進行研究的思想在生物學領域非常常見，體現了不同元件功能層次的多樣性，由單個位點到一組位點，這種功能研究的層次性也對應了生命體復雜的調控機制。

和增強子的研究類似，對于超級增強子，也是研究其在不同生物學過程，疾病發生發展等過程中的調控作用。SEdb是一個綜合性的超級增強子數據庫，采用了H3K27ac這種組蛋白修飾作為增強子區的標記，利用從ENCODE, RoadMap, GEO等公共數據庫中下載的H3K27ac chip_seq數據，首選采用MACS識別增強子區，然后采用ROSE這款軟件來識別超級增強子區。

對于識別到的超級增強子區，利用bedtools進行下列注釋

1. SNP位點
   從dbSNP數據庫下載SNP位點，利用1000G的數據對SNP位點進行連鎖不平衡分析，同時從GWAS Catalog和GWASdb下載疾病相關的risk SNP位點信息，注釋在超級增強子區域內存在的各種SNP位點。

2. DHS
   從UCSC和ENCODE下載DNase酶超敏區域信息，進行注釋

3. Enhancers
   從ENCODE和FANTOM5下載增強子區域信息，進行注釋

4. TFBS
   從UCSC下載轉錄因子結合位點的信息，進行注釋

5. CRISPR/Case9 target sites
   從UCSC下載基因編輯位點信息，進行注釋

6. eQTLs
   從GTEx, HaploReg和PancanQTL數據庫中下載eQTL-gene關系對，進行注釋

7. motif  change
   從TRANSFAC和JASPAR數據庫下載轉錄因子的motif信息，利用atSNP這個R包計算SNP位點對motif的影響

   
   

除了對超級增強子進行注釋外，還通過6種不同策略對超級增強子的靶基因進行預測，所有的注釋信息和靶基因預測結果都可以通過數據庫檢索進行查詢和瀏覽。

考慮到超級增強子的特異性，所有的數據都是以單個樣本的形式進行分析和存儲的，示意如下

點擊樣本編號可以查看單個樣本的超級增強子信息，首先是樣本的基本信息和超級增強子在不同染色體上的分布，示意如下

接下來是超級增強子的列表，示意如下

點擊第一列的ID,可以查看詳細信息

1. Overview

2.  Annotation

3.  target gene

4. enhancer

5. overlap with super-hancers

除了基本的檢索和瀏覽功能外，該數據庫還提供了很多的在線工具，數據也是開放下載的。

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