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這篇文章給大家介紹如何理解Rfam數據庫，內容非常詳細，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。
Rfam是一個RNA分類信息的數據庫，根據多序列比對結果，二級結構的一致性，協方差模型對各種RNA及順式作用元件進行了分類整理，網址如下
http://rfam.xfam.org/
最新版本為14.0, 在Rfam數據庫中，包括以下3大功能類型的分子
ncRNA genes
cis-regulatory elements
self-splicing RNAs
進一步對其進行更為細致的劃分，詳細列表如下所示
在對這些數據進行分類時，提供了兩個層次的分類，family和clan。對于family而言，其成員是上述各種類型的RNA;對于clan而言，其成員是各個family。
通過官網的Browser功能，可以方便的瀏覽數據庫中的內容
每個clan采用CL開頭的編號唯一識別，示意如下
以上圖中的CL00051為例，包含了11個family, 詳細信息如下
每個family采用RF開頭的編號唯一識別，示意如下
以上圖中的RF00005為例，該家族的名字為tRNA, 對應類型為Gene; tRNA, 該家族包含來自9934個物種的RNA分子，其中有三維結構信息的有536個。
對于多序列比對的信息，同時提供了seed和full兩種，其中seed是手工整理的已知的該家族成員的多序列比對結果，而full是該家族所有成員序列的多序列比對結果。
示意如下
以human為例，可以看到對應的序列數和family個數
每條序列以CM開頭的編號唯一識別，示意如下
CM000683.2對應的序列詳情如下
通過FTP功能，可以下載該數據庫中的內容，FTP鏈接如下
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam
數據庫中不僅提供了fasta格式的序列信息，也提供了CM模型，通過infernal軟件可以利用這些模型對RNA序列進行判斷，從而分析RNA序列對應的family信息。
關于如何理解Rfam數據庫就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
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