如何理解KEGG Orthology數據庫

如何理解KEGG Orthology數據庫，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。

我們經常會使用KEGG數據庫來研究基因的功能，而在KEGG 數據庫中，直接存儲分子功能的就是KEGG Orthology 數據庫。

KEGG Orthology 簡稱KO,該數據庫中的每一條記錄用K number 唯一標識。基于同源基因具有相似功能的假設，把基因的功能進行了擴充。對于某個物種中功能研究的很清楚的基因，在不同的物種間搜尋該基因的同源基因，將這些同源基因定義為一個orthology, 用該基因的功能作為該orthology 的功能；這樣就將對于不同物種基因功能的研究都利用起來，提供了一個全面的研究基因功能的數據庫。

pathway，module 等數據庫都是建立在KO數據庫的基礎上的，KO可以說是KEGG中處于核心地位的一個數據庫，所以理解KO數據庫就特別的重要。

對于一個具體的KO來說，在這個KO下是一系列基因，這些基因可以來源于不同的物種，但是具有相同的功能。以K00161為例，對應的同源基因的列表可以從KEGG的官網查詢得到，

打開這個鏈接 http://www.genome.jp/kegg/ko.html ， 在查詢的文本框中輸入K number, 如下圖所示：

點擊Orthology table按鈕，在跳轉的頁面可以看到具體的基因列表，如下圖所示

在下拉列表中，還可以對物種進行篩選，比如只顯示Animals的基因。

對于已知的基因，可以直接在數據庫中檢索得到對應的功能，那么對于新發現的基因，如何利用KO數據庫來研究其功能呢？

根據同源基因的定義，序列相似度在80%以上的就定義為同源基因。對于功能未知的基因，我們只需要根據序列比對查找對應的功能已知的同源基因就可以了。

KEGG官網提供了一個在線的工具，BlastKOALA。這個工具基于blast 比對，將輸入的基因序列和KEGG Gene 數據庫中的序列去比對，查找最佳匹配的一個gene, 將該基因對應的K number 賦予查詢的基因。

1.首先在文本框中輸入帶查詢的基因的序列

2.設置對應的物種信息，減少查詢的物種范圍

3. 根據實際情況選擇用于檢索的基因集數據庫

4. 最后輸入郵箱地址，提交任務就可以了

首先會給你的郵箱發一封郵件，你必須點擊這個郵件中的鏈接才能開始工作，當結束后，會再發一封郵件給你，通過郵件中的鏈接就可以看到最終的分析結果。

KO 數據庫是研究基因功能的基礎數據庫，每個KO下對應的是一系列具有相同功能的基因，這些基因可以來源于不同的物種。

基于序列比對的原理，我們可以利用KO 數據庫來研究新基因的功能。

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