如何采用TCGAbiolinks 去下載TCGA臨床數據

小編給大家分享一下如何采用TCGAbiolinks 去下載TCGA臨床數據，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

采用TCGAbiolinks 去下載TCGA臨床數據，并對數據進行整合

下載和處理TCGA的臨床信息非常的麻煩，不同的癌癥，格式還不一樣，處理起來不容易。

采用TCGAbiolinks 包去下載和處理臨床信息就非常的方便。

那么我們以下載胃癌病人的臨床數據的為例，看看如何下載數據。

#  加載需要的包
library(SummarizedExperiment)
library(TCGAbiolinks)

###########################################################
# GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/
###########################################################

# 設置程序參數
work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Documents/Train/TCGA/lab/Download_Data/Clinical" 

# 設置需要下載癌癥對應的project 和數據類型
project <- "TCGA-STAD"
data_category <- "Clinical"
data_type <- "Clinical Supplement"
legacy <- FALSE

# 設置工作目錄
setwd(work_dir)

# 下載臨床數據的結果
DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project))

# 查詢可以下載的數據
query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  legacy = legacy)

# 該癌癥總樣品數量
samplesDown <- getResults(query,cols=c("cases"))
cat("Total Clinical sample to down:", length(samplesDown))

# 下載數據
GDCdownload(query = query,
            directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')

# 用專門的函數去整合下載好的數據
clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient",directory = DataDirectory)

# 將數據保存到文件，方便后面的進一步分析
clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt")
write.csv(clinical, file = clinical_file, row.names = F, quote = F)

以上是“如何采用TCGAbiolinks 去下載TCGA臨床數據”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！