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本篇內容介紹了“如何使用TCGAbiolinks下載TCGA的數據”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！
TCGAbiolinks是一個分析處理TCGA數據的R包，通過GDC API來查詢和下載TCGA的數據，同時提供了差異分析，生存分析，富集分析等常見的分析功能，網址如下
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html
這個R包的基本用法如下
和在線查詢類似，只不過是將網頁上的各種可選的屬性變成了對應的參數，基本用法如下所示
以project為核心進行查詢, 其他參數用來對數據進行過濾，常用的有以下幾個參數
datga.category
data.type
workflow.type
experimental.strategy
platform
access
以上參數和和網頁上的的各項選擇菜單相對應，示意如下
除此之外，還有幾個重要參數，legacy參數的默認值為FALSE,表示從harmonized database進行查詢，TRUE表示從 GDC legacy archive進行查詢；barcode參數用于選擇其中部分樣本的數據。
查詢結果的基本單位為Files， 可以通過以下代碼進行查看
datatable(getResults(query))
結果是一個html的表格，通過網頁進行查看，每行代表一個表格，示意如下
除了查看檢索結果外，還可以下載檢索結果，用法如下
這里分成了兩個步驟，第一步從GDC下載原始數據，可以使用API或者gdc-clinet進行下載， API的速度相對快一點；第二步對原始數據的結果進行整理，從GDC下載的原始數據是每個文件單獨分開的，需要先對結果進行整理，才可以用于后續分析。以表達譜數據為例，需要進行樣本的合并，樣本ID的轉換等，所有這些都可以通過GDCprepare完成。
整理好的結果存放在data對象中, 樣本的信息可以通過如下方式進行查看
結果示意如下
表達量矩陣的信息查看方式如下
結果示意如下
數據下載并整理好之后，就可以進行分析了。不同類型的數據對應的分析方法也不同，具體的分析方法請參考官方文檔。
“如何使用TCGAbiolinks下載TCGA的數據”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！
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