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小編給大家分享一下TCGA如何繪制生存曲線圖，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
生存曲線圖的繪制
在單因素生存分析完成之后，可以繪制一個單因素的生存曲線圖。
# 表達信息和生存數據整合到 exprSet, 其格式如下：
bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4
1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057
2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823
3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 3.63052
4 TCGA-BI-A0VS 925 0 3.877719 19.38859
5 TCGA-BI-A20A 72 0 16.789319 12.21041
6 TCGA-C5-A0TN 348 1 7.835572 28.73043
# 針對顯著性的基因繪制生成曲線
my.surv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)
# 循環遍歷顯著的基因
for(gene in names(log_rank_p) ){
values <- exprSet[,gene]
# 基于基因的表達量，分成兩個組別
group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low')
kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=exprSet)
summary(kmfit2)
ggsurvplot(kmfit2, conf.int=T, pval=TRUE, title=gene)
ggsave(paste(gene,'_survival.pdf', sep = ""),width = 10,height = 5)
}繪制完的圖如下：
以上是“TCGA如何繪制生存曲線圖”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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