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這篇文章給大家分享的是有關hmmsearch如何尋找相似序列的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
hmmsearch尋找相似序列
HMMER是基于隱馬爾可夫模型，用于生物序列分析工作的一個非常強大的軟件包，它的一般用途是識別同源蛋白或核苷酸序列和進行序列比對。與BLAST、FASTA等序列比對和數據庫搜索工具相比，HMMER更準確。
再有HMM模型的情況下尋找相似序列可用hmmsearch，用法如下：
hmmsearch --domtblout Ensembl.txt PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa
輸入文件PF01535.hmm為HMM模型。 比較序列文件可以是FASTA格式。
--domtblout：domtblout格式輸出
結果按照E-values值從小到大排序，形式與blast類似。
其中target name是每個目標序列的名稱；
query name是查詢序列的名稱；
score是比對得分，分值越高說明越相似；
E-value目標序列的期望值（統計意義）；
最重要的是E-value值，值越小，越可信，相當于一個統計量。
感謝各位的閱讀！關于“hmmsearch如何尋找相似序列”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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