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不同于affy包對affymetrix芯片數據分布繪圖,Illumina microarray數據分布是基于lumi包:
boxplot-method
density-method(或者hist) |
affy包也可以利用boxplot,不過密度圖利用hist,此處就展示一些lumi包針對Illumina microarray繪圖過程(GSE63229):
基于lumiR.batch獲取LumiBatch對象,直接基于對象畫圖:
> n.sample = length(LumiBatch$sampleID)> cols=rainbow(n.sample)> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> boxplot(LumiBatch,col = cols, las = 2)
密度圖則是(hist同樣效果):
> par(cex = 0.7)> if(n.sample>40) par(cex = 0.5)> density(LumiBatch,col = cols, las = 2)
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