怎么用biopython將cds序列翻譯成蛋白序列

本篇內容主要講解“怎么用biopython將cds序列翻譯成蛋白序列”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“怎么用biopython將cds序列翻譯成蛋白序列”吧!

將cds序列翻譯成蛋白序列 ， 由于不同的物種或者特殊的細胞器（線粒體等）的密碼子存在差異，我們不能隨便默認的進行翻譯，這里的biopython可以根據我們的需要使用不同的密碼子進行蛋白翻譯，密碼子見：

1.普通的密碼子翻譯，rna翻譯成蛋白質

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> messenger_rna = Seq("AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGAUAG", IUPAC.unambiguous_rna)
>>> messenger_rna
Seq('AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGAUAG', IUPACUnambiguousRNA())
>>> messenger_rna.translate()
Seq('MAIVMGR*KGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))

2. cds序列翻譯成蛋白序列

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> coding_dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG", IUPAC.unambiguous_dna)
>>> coding_dna
Seq('ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG', IUPACUnambiguousDNA())
>>> coding_dna.translate()
Seq('MAIVMGR*KGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))

3.指定密碼子翻譯成蛋白序列

>>> coding_dna.translate(table="Vertebrate Mitochondrial")
Seq('MAIVMGRWKGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))

或者用序號

>>> coding_dna.translate(table=2)
Seq('MAIVMGRWKGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))

批量運行示例代碼：

from Bio.Seq import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
import sys, os, argparse, os.path,re,math,time
parser = argparse.ArgumentParser(description='This script is used to translate cds to pep')
#parser.add_argument('-m','--map',help='Please input ref mapped id file',required=True)
parser.add_argument('-f','--fasta',help='Please fasta file',required=True)
parser.add_argument('-o','--out_dir',help='Please input complete out_put directory path',default = os.getcwd(),required=False)
parser.add_argument('-t','--table',type=int,default=1,help=' genetic code :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi, default table id 1',required=False)
parser.add_argument('-n','--name',default ='pep',required=False,help='Please specify the output, pep')
################################################################################
args = parser.parse_args()
dout=''
if os.path.exists(args.out_dir):
    dout=os.path.abspath(args.out_dir)
else:
    os.mkdir(args.out_dir)
    dout=os.path.abspath(args.out_dir)
output_handle = open(dout+'/'+args.name+'.fa', "w")
for rec in SeqIO.parse(args.fasta, "fasta"):
    rec.seq=rec.seq.translate(table=args.table)
    SeqIO.write(rec, output_handle, "fasta")
output_handle.close()

到此，相信大家對“怎么用biopython將cds序列翻譯成蛋白序列”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！