如何使用ggraph包繪制展示相關性的網絡圖

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ggraph包繪制展示相關性的網絡圖

使用方法:

$Rscript scripts/corr_network.r -h
usage: scripts/corr_network.r [-h] -g GENE_DATA -p P_DATA -r R_DATA
                              [-P P_VALUE] [-R R_VALUE] [-H HEIGHT] [-W WIDTH]
                              [-o OUTDIR] [-f PREFIX]

Network diagram of correlation：https://www.億速云.com/article/1574

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g GENE_DATA, --gene_data GENE_DATA
                        Enter the file path that contains the gene symbol and
                        gene grouping[required]
  -p P_DATA, --p_data P_DATA
                        input data file path[required]
  -r R_DATA, --r_data R_DATA
                        input data file path[required]
  -P P_VALUE, --P_value P_VALUE
                        P value of correlation[optional,default 0.05]
  -R R_VALUE, --R_value R_VALUE
                        the correlation coefficient[optional,default 0.3]
  -H HEIGHT, --height HEIGHT
                        the height of plot[optional,default 6]
  -W WIDTH, --width WIDTH
                        the width of plot[optional,default 6]
  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR
                        output file directory[optional,default cwd]
  -f PREFIX, --prefix PREFIX
                        out file name prefix[optional,default m6a_corr]

參數說明：

-g 輸入含有基因名稱及基因分組的文件：

-r 輸入相關性分析的R值結果文件：

-p 輸入相關性分析的P值結果文件：

-P、-R

指定P值和R值的閾值，默認P值為0.05，R值為0.3

使用舉例：

Rscript ../scripts/corr_network.r -g ../m6a.tsv -p m6a_corr_p.tsv \
    -r m6a_corr_r.tsv -P 0.001 -R 0.4

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