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這篇文章主要講解了“RNAmmer怎么用”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“RNAmmer怎么用”吧！
RNAmmer為一款專門的rRNA預測工具，該軟件所使用的隱馬爾科夫模型的訓練數據集選用5S rRNA數據庫和歐洲rRNA數據庫，具有極高的準確率。它既可以用來預測原核生物的5S、16S、23S rRNA，也可以用來預測真核生物的5S、5.8S、18S、28S Rrna，而且是不基于參考序列的從頭預測。
rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml out.xml -gff out.gff -h out.hmmreport -f out.rRNA.fasta genome.fasta-S 指定輸入序列的物種所屬的界：古菌arc、細菌bac或真核euk；-m 所需要預測的rRNA種類：'tsu'為5/8s rRNA，'ssu'為16/18s rRNA，'lsu'為23/28s rRNA。如果全部進行預測，則設置為為'tsu,ssu,lsu'；-multi 并行運算，預測正反兩條鏈上所有的rRNA，最多并行運行6個計算，相當于-m lsu,ssu,tsu；-f 生成的rRNA的fasta結果文件名-h 生成的hmm結果報告文件名-gff 生成的rRNA的gff2文件名-xml 生成的xml結果文件名
rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff twk.rRNA.gff -f twk.rRNA.fasta -h twk.rRNA.hmmreport new.scaffolds.fasta
在gff和fasta文件中可以看到5S、16S、28S rRNA的預測結果及其序列，如下所示：
感謝各位的閱讀，以上就是“RNAmmer怎么用”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對RNAmmer怎么用這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！
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