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這篇文章給大家介紹對peak區域進行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的，內容非常詳細，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。
PAVIS是一個在線工具，可以對peak區間與基因組各個特種的overlap情況進行注釋。
對于一個gene而言，將其分成了以下區域，圖示如下
藍色方框代表外顯子，紅色線條代表內含子，在第一個外顯子的5’端為轉錄起始位點TSS, 在最后一個外顯子的3’端為轉錄終止位點TTS。TSS和TTS之間的所有序列通過剪切形成成熟mRNA序列。在剪切過程中內含子會被去除，只保留外顯子。mRNA在翻譯過程中，在5’端和3’端各有一段不翻譯的區域，稱之為UTR,對應圖中綠色方框的部分。
TSS上游區域稱之啟動子區，也稱之為upstream, 由于沒有明確的長度定義，在實際處理中，通常取一個固定的閾值，比如2kb等；與之對應，在TTS下游的區域稱之為downstram, 也是取一個固定長度。
在線工具的用法如下，首先選取對應的基因注釋，并定義upstream和downstream的長度，然后上傳bed格式的peak文件就可以了，示意如下
在結果頁面，首先用表格展示各部分的比例
除此之外，還采用餅圖和柱狀圖展示各個部分的比例，示意如下
關于對peak區域進行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
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