怎么使用muscle進行多序列比對

怎么使用muscle進行多序列比對，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

muscle是最為廣泛使用的多序列比對工具之一，其速度和準確度比clustal都要更加優秀，在幾秒鐘的時間就可以完成上百條序列的比對，而且用法簡單。

在下載頁面，提供了多個操作系統的可執行文件。

linux下安裝的代碼如下

wget https://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
tar xzvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle
chmod +x muscle

由于解壓后的文件名很長，這里對文件進行了重命名，然后添加了可執行權限。為了方便調用，可以將該文件添加到PATH環境變量中。muscle的基本用法如下

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa

輸入序列為FASTA格式，如果輸入序列中出現了gap, 會先去除這些gap, 然后在進行多序列比對。默認輸出的比對結果也為fasta格式，也支持phylip, msf, clustalw等其他格式。

除了多序列比對外，muscle還可以構建進化樹，支持以下兩種建樹方式

1. NJ

2. UPGMA

   
   

NJ法構建的進化樹可信度更高，而UPGMA建樹的速度更快。基本用法如下

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining

-cluster參數指定建樹的方法，默認為upgma。輸出的tree文件格式為Newick格式。

muscle的默認參數設置最大化的保證了比對的準確度，對于大的序列，如果比對速度不是很理想時，可以適當的調整參數。

對于核酸和氨基酸序列，官方分別推薦了速度最快的參數設置。

核酸

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags

氨基酸

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3

使用muscle時，其默認參數設置就能夠滿足絕大部分的使用場景，只有對于較大的輸入序列，才需要調整參數。

EBI提供了muscle的在線服務，網址如下

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

用法和clustal的用法是類似的，這里就不贅述了。對于500條以下而且數據量小于1Mb的序列，可以直接使用該在線服務。

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