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circos中histograms有什么用

發布時間:2021-12-18 16:01:24 來源:億速云 閱讀:178 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要介紹了circos中histograms有什么用,具有一定借鑒價值,感興趣的朋友可以參考下,希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲,下面讓小編帶著大家一起了解一下。

histograms可以看做是line plot的一個變種,首先來看一個示例

circos中histograms有什么用
圖中最內圈的就是historgams了,可以看到由許多個柱子組成,每個柱子都是file中定義的一個區域,柱子的高度由這個區域的value決定。所有的柱子共有兩個方向,一部分朝內,另外一部分朝外。

這個圖片對應的數據如下:

circos中histograms有什么用

可以看到value的值有正有負,當同時包括了正負數時,所有正數的柱子是一個方向,負數的柱子是另外一個方向。以上這些都是默認行為。

下面看一個最基本的配置文件的例子

circos中histograms有什么用

r0, r1, maxmin這些屬性在之前的文章中已經詳細解釋過,今天主要看下histogram獨有的幾個參數

1. extend_bin

每個bin的區間是在file文件中事先定義好的, extend_bin控制是否把相鄰的bin連接起來, 比如對于下面這個數據

circos中histograms有什么用

可以看到這3個區間是有一定間隔的,默認情況下,在圖上對應的bin肯定是不連續的;當設置了extend_bin = yes之后,會將這3個bin連在一起。

具體的做法就是延伸file中定義好的區間,比如前2個bin之間有間隔,取這個間隔的中間點的位置,作為第一個bin的終止位置,第2個bin的起始位置,這樣兩個bin就連接起來了。

看一個案例

circos中histograms有什么用

圖中的兩個histogram基于相同的數據,當extend_bin = no時,按照file中定義的區間來畫,可以看到區間并不是連續的;當extend_bin = yes時,所有的bin都變成連續的了。

改變了file文件中定義的區間,通常情況下, 不太推薦使用extend_bin = yes

2. 顏色相關的屬性

histogram中,和顏色相關的共有以下4個屬性

  1. color
    線條的顏色

  2. fill_color
    bin的填充色

  3. background_color
    bin的背景色

  4. fill_under
    fill_under = yes 時,background_color作為bin的填充色,fill_color作為線條的顏色,會覆蓋color定義的值

另外一個需要掌握的就是定義多種顏色的技巧,以最常用的fille_color為例,主要有兩種方式:

1. 設置多個條件

circos中histograms有什么用

根據某個閾值將value劃分成不同的部分,每個部分通過rule定義不同的填充色

2. 設置一個條件

circos中histograms有什么用

condition = 1表示這個rule一直發揮作用,類似編程中的while(1), 永遠為真。這里的fill_color的值通過一個表達式來定義。

remap_int函數根據value在區間[-1, 1]的位置, 映射到[1,9]區間中,生成一個1到0之間的整數,然后通過sprintf函數定義顏色為spectral-9-div調色板中的一個顏色。

spectral-9-div這個調色板是在/etc/brewer.all.conf文件中定義的

circos中histograms有什么用

在該文件中,還定義了其他顏色的調色板,中間的數字代表了調色板中的顏色總數,可以根據需要選擇合適的調色板。

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章,希望小編分享的“circos中histograms有什么用”這篇文章對大家有幫助,同時也希望大家多多支持億速云,關注億速云行業資訊頻道,更多相關知識等著你來學習!

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