circos ticks怎么使用

這篇文章主要介紹“circos ticks怎么使用”，在日常操作中，相信很多人在circos ticks怎么使用問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”circos ticks怎么使用”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

在circos中，通過ticks block來添加刻度線。刻度線和我們的比例尺是一樣的，需要有一個最小單位。

通過chromosomes_units定義最小單位，用法如下

chromosomes_units  = 1000000

之后的刻度線都基于該最小單位進行定義。對于刻度線，有兩個全局參數控制其顯示方式

1. show_ticks
   show_ticks = yes 表示顯示刻度線

2. show_tick_labels
   show_tick_labels = yes 表示顯示刻度線上的標簽

對于刻度線而言，可以由多個不同標準的刻度組成，和厘米，毫米的概念差不多，可以每5M標記一個刻度線，也可以每10M標記一個刻度線。對于每一種規格的刻度線，通過tick 這個block 定義。看下面這個例子

首先是兩個全局參數，表明顯示刻度線。接下來就是ticks模塊。上圖中的ticks 由兩個tick構成。

關于刻度線的相關參數，可以分成一下兩大類別

刻度線的顯示

1. radius
   radius 表示刻度線顯示的位置，用法radius = 0.8r;

2. spacing
   spacing 指定刻度線之間的間隔，比如 spacing = 5u, 表示每5個單位標記一個刻度線

3. color
   刻度線的顏色, 用法color = grey

4. thickness
   刻度線的粗細, 用法thickness = 2p

5. size
   刻度線的長度，用法size = 5p

刻度線的標簽的顯示

1. show_label
   show_label = yes 表示顯示標簽

2. lable_size
   控制label文字的大小, 用法 label_size = 5p

3. label_offset
   控制label的偏移量，設置label和刻度線之間的間隔，用法label_offset = 10p

4. skip_first_label
   不顯示第一個label

5. skip_last_label
   不顯示最后一個label

6. multiplier
   multiplier定義了label和實際刻度之間的比例，公式為tick_label = tick_value * multiplier, 實際標記的label需要在原來的基礎上乘以multiplier 。multiplier = 1 / 1u, 表示1：1的比例，實際5u的地方就標記5；
   multiplier = 10 / 1u, 表示10：1的比例，實際5u的地方就標記50。

7. mod
   mod 用于格式化標簽的顯示方式，使標簽更加的美觀。mod 代表取余數的意義
   在spacing = 0.1u 的情況下，在10M-11M 之間會有10.1, 10.2 這樣的刻度，當添加了mod = 1u時，10.1 除以1，余數為0.1， 所以10.1 對應的 label 變成了0.1；

8. suffix
   給label添加后綴，比如 suffix = Mb,這樣每個label 最后都會再加上Mb

9. prefix
   給label 添加前置，比如prefix = +, 這樣每個label 前面都會在加上+

10. format
    格式化label的顯示，用法和perl 語言中的 是sprintf函數的用法相同

到此，關于“circos ticks怎么使用”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！