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KEGG Glycan 數據庫的原理是什么

發布時間:2021-12-02 11:20:41 來源:億速云 閱讀:254 作者:柒染 欄目:大數據

這篇文章將為大家詳細講解有關KEGG Glycan 數據庫的原理是什么,文章內容質量較高,因此小編分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后對相關知識有一定的了解。

復合糖作為糖類與蛋白質或者脂質結合的產物 ,在生物中分布廣泛,具有重要的功能。GLYCAN 數據庫收錄了實驗驗證過的復合糖的信息,主要是結構信息。每條記錄用G number 標識,比如 G00197

對于復合糖而言,搞清楚其結構只是最基礎的研究,我們更加關注其在生命活動中的意義。kegg 將復合糖相關的基因,代謝途徑, 疾病等信息關聯在一起,通過pathway的形式進行展示。 在pathway 數據庫中,有1個類別,專門用于描述復合糖的代謝通路信息,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli

KEGG Glycan 數據庫的原理是什么

在這些pathway 中,主要展示的信息是復合糖的代謝途徑,與基因的相互作用等信息,有部分圖中還包含了復合糖對應的生物合成途徑,或者降解途徑,這部分信息成為 structure map。比如 map00510, 可以分成以下兩部分:

  1. 代謝通路

KEGG Glycan 數據庫的原理是什么

  1. structure map

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對于復合糖在癌癥中的作用,專門有1個pathway 來記錄這些信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205

糖基轉移酶催化糖類與蛋白,脂質等物質的結合。
有關糖基轉移酶的信息,在KO 數據庫中進行了存儲,比如下圖,不僅給出了對應的基因,還給出了對應的enzyme EC 編號, CAzy 數據庫的信息,而且還給出了參與的pathway 信息。

KEGG Glycan 數據庫的原理是什么

對于所有收錄的糖基轉移酶的分類,對應 brite 數據庫中的鏈接如下

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg

總結

  1. Glycan 數據庫收錄了糖類物質的結構信息,并給出了糖類參數的各種代謝通路。

  2. 糖基轉移酶,催化糖類與蛋白質,脂質等的結合,在KO數據庫中給出了對應的信息。

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