面對妖艷的配置文件，python小技巧來幫你！

今天小編和大家分享如何借助Python腳本輕松構建cytoscape導入文件。Cytoscape是一個非常適合展示各種相互作用關系的可視化軟件。

具體來說就是可以用于蛋白互作網絡的展示，miRNA與蛋白質或者TF與RNA的相互作用等內容的可視化，是一個生信分析不可或缺的神器。但是當要處理的數據比較多，并且需要根據Cytoscape要求整理數據的時候，會不會整理到眼花？不知道你們會不會，反正小編每次都整理得想吐血~~~

上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的結果教程中，Cytoscape導入的文本內容大致有圖中的那幾列，

將基因富集后，我們打開的原始文件一般如下圖

為了舉例說明，我們僅選取了一個性質，通過分列將gene里的gene分散到各個單元格里，形成下圖。

具體問題是：將圖1中source，性質和target三類數據轉化為圖2里的具有一對一關系樣式，原本的解決方法是利用excel的復制橫縱轉化粘貼，之后可能還有重新整合起來，太過繁瑣。

不懂編程的醫學狗，還幻想用excel的函數，妄想解決上述問題，多次嘗試還是失敗。最后依靠大神大腿，學了用python來解決上述問題。下面和大家分享一下具體步驟。

安裝和環境變量設計

網址：https://www.python.org/doc/

安裝完還不算，必須先設置好python的環境變量（具體什么東西我一臉懵逼，就知道這個不設置好，錯誤警告！！！）

設置也很簡單：先找到你你python的安裝路徑，

然后根據一下箭頭指示操作

在最后一個編輯系統變量里面，在原來的變量值后面加入“;+python的路徑”（這里的分號:，必須是半角下的分號）

創建文本和文件存儲

在安裝好python以及設計好變量環境后，創建一個文本，改后綴為.py用于存python代碼以及一個.txt文本用于存數據。

其中data2.txt里面的數據應該是下圖所顯示那樣，具體拓展看文末，

之后打開，cmd，

先確定剛剛.py和數據文件data.txt所在文件夾。

在命令框里，進入后默認出現1框所出現的，在1框后輸入cd+文件存儲位置

將索引引到文件存儲位置，才可以進行下一步分析

數據轉換

然后動動手指按下“python xxx.py”,然后就出現了一個out.txt

打開，看下，刺激不刺激，幸福不幸福！這樣就解決了上次的困擾了，希望對大家有幫助。這個事情告訴我們，有個會懂代碼的同學是個多么好的體驗，睡覺都能笑醒！！！！

代碼分析和拓展

1、代碼如下

2、代碼拓展

上面這個代碼的關鍵在與

output.write(line[0] + '\t' + line[1] + '\t' + i + '\n')這一步，一般不需要更改其余的參數，通過下面幾個圖來感受下修改后的變化。（這個代碼可以拓展，拓展什么樣靠自己的想象力了下面我就展示他可伸縮的性質）

加法：（構建具有更多性質屬性的輸入文件）

output.write(line[0] + '\t' + line[1] +’\t’+line[2]+ '\t' + i + '\n')

公式改變處用紅色標明，可以看出這次輸出的文件，在原先的基礎之上，出現了第三列這一列，也就意味著第三列的輸出信息是’\t’+line[2]所表示的。之前說了，line[2]中2是定位的，我們看下我們最先需要處理的數據源。

Line[X]中X的順序是從0開始的，也就是說line[0]代表A列，line[2]代表C列。

減法：（刪減輸入性質的文件）

output.write(line[0] + '\t' + i + '\n')

同樣我們刪去了'\t' + line[1]，也就是把line[1]代表的源數據B列給去掉。

根據以上的稍微改動，對于處理這類數據，通過對這段循環語句稍微改動

即通過對x的賦值，結合我們的需要，定好合適的起點就對這個腳本有了全面的了解了。

這個代碼是開源的，對于將david，bingo插件等富集分析的輸出文件轉化成符合cytoscape輸入格式是非常便利省時的，不需要什么編程的底子，零基礎快速掌握一個python小技巧達到構建配置文件的目的。