怎么使用python繪制火山圖

這篇文章主要講解了“怎么使用python繪制火山圖”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“怎么使用python繪制火山圖”吧！

導入模塊

import numpy as np
import pandas as pd

1.讀取測試數據

data=pd.read_csv(r'E:\ZYH\R.project\rna-seq\lianxi1\exon_level\df.csv')

2.查看數據

data.head()

3.篩選差異基因

# 3.嘗試寫循環篩選上下調基因分類賦值給 "up" 和 "down" 和 "nosig" 加入pvalue條件
###loc函數：通過行索引 "Index" 中的具體值來取行數據（如取"Index"為"A"的行）
data.loc[(data.log2FoldChange>1)&(data.padj<0.05),'type']='up'
data.loc[(data.log2FoldChange<-1)&(data.padj<0.05),'type']='down'
data.loc[(abs(data.log2FoldChange)<=1)|(data.padj>=0.05),'type']='nosig'

4.查看數據,發現多了type這一列

data.head()

5.統計個數

data.type.value_counts()
up      123
down    103
Name: type, dtype: int64

6.繪火山圖

import seaborn as sns
import math
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib as mpl
%matplotlib inline
# 對padj取個-log10對數
data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)
# 查看
data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()

# 先設置一下自己的顏色
colors = ["#01c5c4","#ff414d", "#686d76"]
sns.set_palette(sns.color_palette(colors))
# 繪圖
ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange', y='-logpadj',data=data,
                hue='type',#顏色映射
                edgecolor = None,#點邊界顏色
                s=8,#點大小
                )
# 標簽
ax.set_title("vocalno")
ax.set_xlabel("log2FC")
ax.set_ylabel("-log10(padj)")
#移動圖例位置
ax.legend(loc='center right', bbox_to_anchor=(0.95,0.76), ncol=1)

7.保存圖片

fig = ax.get_figure()
fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

感謝各位的閱讀，以上就是“怎么使用python繪制火山圖”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對怎么使用python繪制火山圖這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！