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這篇文章主要為大家展示了“HECIL怎么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“HECIL怎么用”這篇文章吧。
HECIL(Hybrid Error Correction of Long Reads using Iterative Learning): 這是一款基于二代數據比對，采用迭代學習的方法對pacbio 等長讀長序列進行糾錯的軟件。
1. 軟件的安裝
安裝比較簡單，從github 上下載下來即可。
git clone https://github.com/NDBL/HECIL.git cd HECIL # 設置如下軟件和腳本具有可執行權限，這一點非常的重要。 chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh
如果遇到samtools, bwa 依賴那個包，需要自己去安裝相應的包,比如我在運行bwa 過程中，就需要依賴“/lib64/libc.so.6” 這個，解決方案就是自己從新下載一個bwa ，進行安裝
2. 軟件的運行
軟件是一個python 腳本，所以運行時需要有python 2.7。
usage: HECIL.py [-h] -l LR -s SR -len LENGTH_SR -o OUTPUT [-lc LOW_CONFIDENCE] [-c CUTOFF_QC] [-k CONFIDENCE_THRESHOLD]
參數說明：
-l : 長序列文件，fasta 格式
-s: 短序列文件，fastq 格式
-len: 短序列的長度
-o: 輸出目錄的名稱
以上是“HECIL怎么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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