r語言中如何使用ggplot2繪制氣泡圖

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Pathway富集結果常用氣泡圖來顯示，其基本代碼如下：

案例數據：

> dat
     ko_id                                Kegg_pathway Rich_factor       Pvalue DEGs
1  ko00195                              Photosynthesis    3.543363 1.000000e-15    5
2  ko00196           Photosynthesis - antenna proteins    5.575221 1.500000e-10    6
3  ko03008           Ribosome biogenesis in eukaryotes    2.464696 4.920000e-06    7
4  ko00710 Carbon fixation in photosynthetic organisms    2.567654 4.510000e-05    9
5  ko01200                           Carbon metabolism    1.738592 7.350000e-05   11
6  ko03030                             DNA replication    2.453097 1.772599e-03   14
7  ko00030                   Pentose phosphate pathway    2.397575 1.772599e-03   12
8  ko00860        Porphyrin and chlorophyll metabolism    2.574238 1.772599e-03   14
9  ko00062                       Fatty acid elongation    2.857551 2.316650e-03   18
10 ko00630     Glyoxylate and dicarboxylate metabolism    2.129425 5.299956e-03   19
11 ko00230                           Purine metabolism    1.671398 5.299956e-03    4

繪圖常利用geom_point幾何對象函數實現氣泡圖繪制過程，同時實現坐標軸翻轉

注意顯著性大小-log10(Pvalue）映射到的點顏色上、差異基因數映射到點大小上。

kegg_point=ggplot(dat,aes(x=Kegg_pathway,y=Rich_factor))+
  geom_point(aes(color=-log10(Pvalue),size=DEGs),alpha=0.8)+
  coord_flip()+
  scale_color_gradient(low = "green",high = "red")
kegg_point

不過需要注意的是在部分情況下，對應的DEGs數量較小，自動匹配的點的大小較小，在圖片上難以顯示明顯，可以利用scale_size_continuous(range)參數控制，

譬如：

kegg_point=kegg_point+scale_size_continuous(range=c(4,10))
kegg_point

size對應的range參數可以有效控制點大小的范圍。

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