MCscan報錯之kpsewhich命令缺失怎么辦

小編給大家分享一下MCscan報錯之kpsewhich命令缺失怎么辦，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

kpsewhich命令缺失導致jcvi運行報錯

最近在linux系統下安裝jcvi用來做共線性分析，安裝時都很順利，但是運行時總會報錯。

MCscan報錯信息：

   File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 357, in dotplot_main
    title=opts.title, stdpf=(not opts.nostdpf))
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 235, in dotplot
    sepcolor=sepcolor, minfont=minfont, stdpf=stdpf)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 79, in plot_breaks_and_labels
    th = TextHandler(fig)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 51, in __init__
    self.build_height_array(fig)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 65, in build_height_array
    w, h = TextHandler.get_text_width_height(fig, size=i)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 57, in get_text_width_height
    tp = mpl.textpath.TextPath((0,0), txt, size=size, usetex=usetex)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/textpath.py", line 450, in __init__
    usetex=usetex)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/textpath.py", line 530, in text_get_vertices_codes
    verts, codes = text_to_path.get_text_path(prop, s, usetex=True)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/textpath.py", line 152, in get_text_path
    glyph_info, glyph_map, rects = self.get_glyphs_tex(prop, s)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/textpath.py", line 305, in get_glyphs_tex
    dviread.find_tex_file('pdftex.map'))
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/dviread.py", line 1045, in find_tex_file
    stderr=subprocess.PIPE)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/subprocess32.py", line 614, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/subprocess32.py", line 1393, in _execute_child
    raise child_exception_type(errno_num, err_msg)
OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'kpsewhich'

搜索查詢后知道是linux中缺少kpsewhich命令導致的，于是安裝該命令，方法如下：

sudo yum install tetex-latex tetex-doc tetex-fonts
sudo yum install texlive tex-live-latex

安裝好后再次運行，順利通過。

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