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如何使用evolview美化進化樹

發布時間:2022-03-19 13:56:43 來源:億速云 閱讀:1224 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹了如何使用evolview美化進化樹的相關知識,內容詳細易懂,操作簡單快捷,具有一定借鑒價值,相信大家閱讀完這篇如何使用evolview美化進化樹文章都會有所收獲,下面我們一起來看看吧。

1.evolview地址及使用

進化樹美化,要求使用以下瀏覽器打開,不支持IE瀏覽器和360瀏覽器

2 進化樹美化

2.1 進化樹分支添加顏色

然后在配置文件里面輸入,需要添加顏色的分組信息,如下:

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue ad
AT4G01250.1,AT4G31550.1 red ad
AT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列為,從一個基因到另一個基因之間,表示范圍;第二列,為設置顏色,最后一列 ad表示為所有枝設置顏色;列和列之間注意用tab分隔開;

2.2 進化樹設置分支label的顏色等

這是設置的配置文件內容如下 ,與分支顏色設置相似,也支持單獨基因設置顏色(最后一行);點擊紅色箭頭處,然后將以下內容粘貼上去:官方配置說明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red ad
AT2G30250.1,AT2G04880.1 blue ad
AT1G80840.1 yellow
2.3 進化樹設置分支label的背景顏色設置

可點擊上圖圖紅框框處查看官方詳細配置說明;配置文件如下:官方說明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red ad
AT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad
2.4 進化樹添加星號標簽

設置參數如下,第一列為基因的ID,后面為設置形狀以及顏色,上圖圖紅框框處查看官方詳細配置說明。詳細說明見官方文檔。

AT4G01250.1 triangle,red:red
AT3G58710.1 triangle,red:red
AT1G29280.1 triangle,red:red
AT2G34830.1 triangle,red:red
AT1G30650.1 triangle,red:red
AT5G52830.1 triangle,red:red
AT4G23550.1 triangle,red:red
AT2G21900.1 triangle,red:red
AT5G45050.1 triangle,red:red
AT2G30590.1 triangle,red:red
AT2G24570.1 triangle,red:red
AT3G04670.1 triangle,red:red
AT2G23320.1 triangle,red:red
AT5G28650.1 triangle,red:red
AT4G24240.1 triangle,red:red
AT4G31550.1 triangle,red:red
AT2G04880.1 star,blue:blue
AT5G56270.1 star,blue:blue
AT4G26440.1 star,blue:blue
AT3G01080.1 star,blue:blue
AT4G12020.1 star,blue:blue
AT2G03340.1 star,blue:blue
AT4G26640.1 star,blue:blue
AT1G13960.1 star,blue:blue
AT2G37260.1 star,blue:blue
AT2G38470.1 star,blue:blue
AT5G07100.1 star,blue:blue
AT2G30250.1 star,blue:blue
2.5 進化樹分組圓環

添加分組圓環,設置按鈕如下:

設置文件說明,官方詳細說明:DatasetGroupLabel.md:

!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2
AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4
AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashed
AT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

說明如下,帶!號的行為全局變量,也就是默認設置參數;其他第一列用,號隔開表示范圍,空格之后為各種group分組圓環的顯示方式:text為分組名稱,fontcolor為字體顏色,linewidth圓環粗細,textorientation控制分組名稱對齊樣式。

關于“如何使用evolview美化進化樹”這篇文章的內容就介紹到這里,感謝各位的閱讀!相信大家對“如何使用evolview美化進化樹”知識都有一定的了解,大家如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道。

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