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本文小編為大家詳細介紹“bam文件怎么轉換fastq”，內容詳細，步驟清晰，細節處理妥當，希望這篇“bam文件怎么轉換fastq”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來學習新知識吧。
bedtools 轉換bam文件為fastq文件
bamToFastq Tool: bedtools bamtofastq (aka bamToFastq) Version: v2.25.0 Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files. Usage: bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FQ> Options: -fq2 FASTQ for second end. Used if BAM contains paired-end data. BAM should be sorted by query name is creating paired FASTQ. -tags Create FASTQ based on the mate info in the BAM R2 and Q2 tags. Tips: If you want to create a single, interleaved FASTQ file for paired-end data, you can just write both to /dev/stdout: bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq
直接轉換成fastq 例如可以：
bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq
如果需要區分出bam文件中paired reads 可以：
bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq
讀到這里，這篇“bam文件怎么轉換fastq”文章已經介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領會，如果想了解更多相關內容的文章，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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