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本篇內容介紹了“怎么利用samtools截取指定位置的序列”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！
samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列
用法：
samtools faidx input.fa
該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對于每條序列，除了最后一行外， 其他行的長度必須相同,
>one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chromosome ATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGC
最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；
one 66 5 30 31 two 28 98 14 15
第一列 NAME : 序列的名稱，只保留“>”后，第一個空白之前的內容；
第二列 LENGTH: 序列的長度， 單位為bp；
第三列 OFFSET : 第一個堿基的偏移量， 從0開始計數，換行符也統計進行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的堿基數， 單位為bp；
第五列 LINEWIDTH : 行寬， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的長度， 包括換行符， 在windows系統中換行符為\r\n, 要在序列長度的基礎上加2；
提取序列：
samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa
“怎么利用samtools截取指定位置的序列”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！
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