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GATK Hard-filter過濾變異結果實例分析

發布時間:2022-03-19 10:00:17 來源:億速云 閱讀:358 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹“GATK Hard-filter過濾變異結果實例分析”的相關知識,小編通過實際案例向大家展示操作過程,操作方法簡單快捷,實用性強,希望這篇“GATK Hard-filter過濾變異結果實例分析”文章能幫助大家解決問題。

Hard-filter閾值探究

GATK4官網給出的推薦閾值:For SNPs:

QD < 2.0
MQ < 40.0
FS > 60.0
SOR > 3.0
MQRankSum < -12.5
ReadPosRankSum < -8.0

 For indels:

QD < 2.0
ReadPosRankSum < -20.0
InbreedingCoeff < -0.8
FS > 200.0
SOR > 10.0

關于“GATK Hard-filter過濾變異結果實例分析”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識,可以關注億速云行業資訊頻道,小編每天都會為大家更新不同的知識點。

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