picrust2如何使用

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picrust2用法

#去掉序列ID中注釋信息，避免錯誤：no ASV ids overlap between input FASTA and sequence abundance table

get_fa_by_id.pl $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.txt $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set/qiime_rep_set.fasta rep_set.fa
rm -rf picrust2_out

picrust2_pipeline.py -s rep_set.fa -i $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table.biom -o picrust2_out --processes 1  --in_traits COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM
add_descriptions.py -i picrust2_out/EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m EC \
                    -o picrust2_out/EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
add_descriptions.py -i picrust2_out/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m KO \
                    -o picrust2_out/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
                    
add_descriptions.py -i picrust2_out/COG_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m COG \
                    -o picrust2_out/COG_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
                    
add_descriptions.py -i picrust2_out/PFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m PFAM \
                    -o picrust2_out/PFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
                    
add_descriptions.py -i picrust2_out/TIGRFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m TIGRFAM \
                    -o picrust2_out/TIGRFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
                    
add_descriptions.py -i picrust2_out/pathways_out/path_abun_unstrat.tsv.gz -m METACYC \
                    -o picrust2_out/pathways_out/path_abun_unstrat_descrip.tsv.gz

讀到這里，這篇“picrust2如何使用”文章已經介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領會，如果想了解更多相關內容的文章，歡迎關注億速云行業資訊頻道。