怎么用GCTA分析PCA

本文小編為大家詳細介紹“怎么用GCTA分析PCA”，內容詳細，步驟清晰，細節處理妥當，希望這篇“怎么用GCTA分析PCA”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來學習新知識吧。

GCTA 分析PCA

#方法2：
#GCTA 分析PCA 
## vcf轉bed格式
plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \
    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \
    --keep-allele-order --vcf-half-call missing
## 生成grm文件
gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA
## 進行PCA分析  主要做人的 要求為數字染色體:
#幫助文檔https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Datamanagement
gcta64 --grm GA --pca 20  --out PCA_out  --threads 10 \
    --maf 0.05

GCTA主要是分析人的數據，如果分析其他動植物需要對染色體體進行重新編號，不然會報錯：

--bfile all.LDfilter -autosome
--make-grm
--out GA
Note: GRM is computed using the SNPs on the autosome.
Reading PLINK FAM file from [all.LDfilter.fam]...
176 individuals to be included from FAM file.
176 individuals to be included. 0 males, 0 females, 176 unknown.
Reading PLINK BIM file from [all.LDfilter.bim]...
Error: Line 36188 of [all.LDfilter.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data

讀到這里，這篇“怎么用GCTA分析PCA”文章已經介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領會，如果想了解更多相關內容的文章，歡迎關注億速云行業資訊頻道。