R語言的enrichGO_pip.r如何使用

今天小編給大家分享一下R語言的enrichGO_pip.r如何使用的相關知識點，內容詳細，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來了解一下吧。

enrichGO_pip.R  GO富集分析

使用說明

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r  -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db]
                                                 [-t idtype] [-s show.type]
                                                 [-p pvalueCutoff]
                                                 [-q qvalueCutoff]
                                                 [-c showCategory] [-n prefix]
                                                 [-o outdir] [-H height]
                                                 [-W width]
GO enrich analysis:
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gene.list, --gene.list gene.list
                        diff expressed gene list file, required
  -d ann.db, --ann.db ann.db
                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:
                        https://www.億速云.com/article/1244 [optional,
                        default: org.Hs.eg.db ]
  -t idtype, --idtype idtype
                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME
                        [optional, default: SYMBOL ]
  -s show.type, --show.type show.type
                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID
                        ]
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.05 ]
  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff
                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as
                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on
                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted
                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be
                        reported., [optional, default: 0.2 ]
  -c showCategory, --showCategory showCategory
                        how many GO Category to show, [optional, default: 10 ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: enrichGO ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 10]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 10]

參數說明：

-g 輸入基因列表文件：  腳本會讀取第一列基因ID作為基因集：

-d 物種注釋數據庫： 人的：org.Hs.eg.db 

-t 指定輸入基因列表的ID類型

使用舉例：

Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \
  -o GO -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.5 --ann.db org.Hs.eg.db  \
    --idtype SYMBOL

以上就是“R語言的enrichGO_pip.r如何使用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲，小編每天都會為大家更新不同的知識，如果還想學習更多的知識，請關注億速云行業資訊頻道。