如何進行cBioportal使用

這篇文章跟大家分析一下“如何進行cBioportal使用”。內容詳細易懂，對“如何進行cBioportal使用”感興趣的朋友可以跟著小編的思路慢慢深入來閱讀一下，希望閱讀后能夠對大家有所幫助。下面跟著小編一起深入學習“如何進行cBioportal使用”的知識吧。

cBioportal使用教程

cBioportal這個網站，促進多維度癌癥基因集數據的探索，可以允許跨gene，樣本和數據類型的可視化分析。用戶可以可視化一個癌癥研究中多樣本間基因改變的模式，并比較點多癌癥研究中gene改變頻率，或者在一個個體腫瘤樣本中總結概括所有的相關的基因組改變。這個網站也支持生物通路探索，生存分析，基因改變間的相互獨特性分析，可選擇性的數據下載，編程接口和可以用于發表的可視化總結。

整合進cBioPortal的基因組數據類型包括體細胞突變，DNA copy-number alterations（CNAs），Mrna和microRNA(miRNA)表達，DNA甲基化，蛋白質富集，磷酸化蛋白富集。目前，網站包含從多個癌癥研究的數據集。

網站的簡化概念是在基因水平整合多種數據類型，然后詢問每個sample中專門的生物學事件的呈現（例如，基因突變，基因純和刪除，基因擴增，上調或下調的mRNA或miRNA）,蛋白的上下調等。這使得用戶可以查詢每個gene和每個樣本的的遺傳學改變，并檢驗復發（某些特殊癌癥）。

cBioportal是一個國外網站，在訪問時最好有vpn，否則打開的會很慢甚至打不開。

例子：分析PTEN基因在肝癌中的基因組和拷貝數

step1：選擇癌癥種類，也就是研究對象。在cBioPortal中至少包含32個癌癥種類，240個study，基本覆蓋所有常見腫瘤。

step2：選擇所要分析的數據類型，這里的數據類型往往包括以下幾種：Mutations（突變），putative copy-number alterations（拷貝數變異），mRNA expression z-score（基因表達），這里我們選擇默認的突變和拷貝數變異。

step3：輸入所要分析的基因PTEN

提交后即可分析

1.oncoprint顯示7%的樣本發生基因改變，類型大部分為PTEN缺失

2.plot可以繪制各種比較結果圖，并可以根據需要更改參數

3.co-expression可以查看所分析基因與其他基因的相關性

4.通過comparison/survival繪制查看生存曲線

5.通過pathway查看所分析基因的通路信息

除此之外，通過cBioPortal得到的一系列分析結果都可以下載保存

關于如何進行cBioportal使用就分享到這里啦，希望上述內容能夠讓大家有所提升。如果想要學習更多知識，請大家多多留意小編的更新。謝謝大家關注一下億速云網站！