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GWAS根據遺傳率和QTL的數量產出模擬表型數據
#Read Soybean Genotype data file D<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE) dim(D) D=D[,2:31261] D1=as.data.frame(as.matrix(D)) D2=t(D1) QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTL u <-rep(0,31620) #marker effects u[QTL] <- 1 g <-as.vector(crossprod(D2,u)) h3 <- 0.6 #heritability y <- g +rnorm(346,mean=0,sd=sqrt((1-h3)/h3*var(g))) #Saving simulated filewrite.table(y,"H60Q20.txt", sep="\t")
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