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R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界

發布時間:2021-11-18 10:12:44 來源:億速云 閱讀:1320 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章將為大家詳細講解有關R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

 用R語言的pheatmap 包畫熱圖可以給行或者列添加注釋,比如添加個分組信息

示例代碼

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)
library(pheatmap)
pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)
 
R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界  
image.png

但是如果添加多組注釋信息的話,他的圖例是從上到下依次排列,如果太多圖例就會超過繪圖邊界,比如

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))),
                          group_1=factor(LETTERS[1:10]),
                          group_2=factor(letters[1:10]),
                          group_3=factor(rep(c("CT1","CT2"),5)))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)

pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)
 
R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界  
image.png

我有四個圖例需要展示,但是這張圖只出現了3個

當然可以通過增加圖片的高度讓第四個圖例顯示出來R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界

但是如果注釋信息再多也不能夠一直拉長圖片高度呀! 

有一個辦法是更改圖例的大小,但是沒有找到參數來調節。 

還有一個辦法是:現在圖例的單列,能不能改為多列顯示?也沒有找到參數調節

還有一個辦法是不用這個函數了,換ComplexHeatmap包中的Heatmap函數 示例代碼

mat = matrix(rnorm(100), 10)
rownames(mat) = paste0("R", 1:10)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)
library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat)
column_ha = HeatmapAnnotation(foo1 = runif(10),
                             foo2=rep(c("A","B"),5),
                             foo3=rep(letters[1:5],2),
                             foo4=LETTERS[1:10],
                             foo5=letters[1:10],
                             foo6=LETTERS[1:10])
column_ha
Heatmap(mat,top_annotation = column_ha,
       cluster_columns = F,
       cluster_rows = F)
 

R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界

他的圖例自動就換為兩列了

關于“R語言畫熱圖時如何實現圖例legend過多超出畫圖邊界”這篇文章就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,使各位可以學到更多知識,如果覺得文章不錯,請把它分享出去讓更多的人看到。

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