r語言怎么實現manhattan圖

這篇文章主要介紹“r語言怎么實現manhattan圖”，在日常操作中，相信很多人在r語言怎么實現manhattan圖問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”r語言怎么實現manhattan圖”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

一、R-qqman包

R包就會涉及安裝，載入，如下：

安裝：install.packages('qqman')

載入：library(qqman)

head(gwasResults,3)   #查看qqman提供qwas示例數據（gwasResult）

 SNP CHR BP         P

1 rs1   1  1 0.9148060

2 rs2   1  2 0.9370754

3 rs3   1  3 0.2861395

其中：SNP---snp名稱，CHR---染色體編號，BP---堿基位置，P---p值；

1）最簡單的manhattan：

manhattan(gwasResults)

2）加入標題、調整顏色、部分SNP高亮等細節

head(snpOfInterest)    #查看內置高亮snp數據， snpOfInterest可自行設置

manhattan(gwasResults, col = c("blue4", "orange3"), main = "Results from simulated trait",genomewideline = FALSE, suggestiveline = FALSE,highlight = snpsOfInterest[1:10])

其中參數：

CHR3的綠色點來自snpsOfInterest，highlight參數控制；

藍色橫線由參數suggestiveline控制；

紅色橫線由參數genomewideline控制；

3）批量表示基因名

gwasResults[3057,1] <- "AA"    #將最顯著的點，自定義，可看出改變

manhattan(gwasResults,suggestiveline =FALSE,genomewideline =FALSE,col=c("#FF6A6A","#43CD80","#EE7600"),annotatePval=0.05,annotateTop=TRUE)

其中： annotatePval可以設置p閾值，低于該值的散點將會在圖中被標記；annotateTop默認為True，即僅標記p值最小的點，所以該圖中各條染色體只有一個snp被標記，倘若annotateTop設置為False，則所有低于annotatePval的點均會被標記。

二、R-CMplot包

參數更多，圖更美觀；多表型manhattan圖繪制；circos狀展示；

1）沿用gwasResults數據：CMplot(gwasResults,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file="jpg",memo="",dpi=300)

2）SNP的密度在圖下面展示（CMplot內置數據）：

CMplot(pig60K, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=NULL, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2), threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"),

amplify=TRUE,chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),bin.size=1e6,signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),file="jpg",memo="",dpi=300)

#parameter 'chr.den.col' is bigger than 1, SNP density that counts the number of SNP within given size('bin.size') will be plotted

3）多表型展示

CMplot(pig60K, plot.type="m", multracks=TRUE, threshold=c(1e-6,1e

4),threshold.lty=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e6,chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red"), signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),file="jpg",memo="",dpi=300)

4）circos狀展示

CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X"),sep=""),r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,cir.legend.col="black",cir.chr.h=1.3,chr.den.col="black",file="jpg",memo="",dpi=300)

到此，關于“r語言怎么實現manhattan圖”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！