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本篇文章給大家分享的是有關在線分析scRNA-seq數據的PanglaoDB網站是怎么樣的，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
用四個字形容單細胞技術最貼切的應該是“火炎焱燚”
來自瑞典和美國的研究人員開發了 PanglaoDB數據庫，一個用于探索小鼠和人類scRNA-seq數據的網站，為單細胞組學研究提供最新的公共scRNA-seq數據資源。
PanglaoDB數據庫，包含了超過1054個單細胞實驗的預處理和預計算分析，涵蓋了大多數主要的單細胞平臺和分析流程，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細胞。在線界面允許用戶查詢和探索細胞類型、遺傳途徑和調控網絡。
為什么要構建PanglaoDB？
PanglaoDB數據庫和功能概述
PanglaoDB能做什么？
搜索功能示例
瀏覽功能
Q：我想知道小鼠肺間質中的細胞亞型？
A：點擊主菜單上的“Datasets”，再點擊“Samples”，可以添加限制條件：物種、測序平臺或表頭順序，得到搜索列表，點擊“view”可查看數據集的基本信息和該數據集的細胞聚類圖，使用t-SNE/UMAP進行降維可視化，不同顏色代表不同的簇。
瀏覽功能示例（Samples）
Q：如何查看某個細胞亞群的細胞marker？
A：點擊主菜單上的“Datasets”，再點擊“Cell type markers”，選擇細胞類型，即可得到細胞類型的基因表達marker列表，綠色的行表示典型marker。發現細胞類型標記不準確，可通過flag按鈕發送錯誤報告
瀏覽功能示例（Cell type markers）
數據下載
用戶可在Bulk data download頁面批量下載數據。
Bulk data download頁面
用戶還可以使用部署在數據庫上的alona工具進行自有數據的分析。
以上就是在線分析scRNA-seq數據的PanglaoDB網站是怎么樣的，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。
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