怎么利用ICGC數據庫來尋找一個突變相關課題

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如何利用ICGC數據庫來尋找一個突變相關課題

科研假設

基因突變有很多種類型，其中核苷酸的插入有可能影響基因的蛋白的編碼。所以對于基因突變插入的研究是是很重要的。

對于實體腫瘤而言，很多腫瘤都處于一個環境當中，例如消化道的三個腫瘤：食管、胃和腸。對于處于相同環境的腫瘤，其發病機制有可能是相同的。

綜上，我們就想研究插入突變對于消化道腫瘤的影響。

1. 三個腫瘤基因突變插入的影響

既然要研究三個腫瘤當中插入突變的影響。那首先第一步我們就需要查看不同腫瘤當中對于突變插入的影響。這里我們以食管癌舉例：

1.1 查看食管癌當中插入突變的結果

在ICGC的數據庫的篩選欄當中，我們在 Donors中的樣本類型當中選擇食管，在Mutations中的突變類型選擇插入。這樣就獲得食管癌當中和插入突變有關的基因都有哪些。經過篩選，我們發現有17,552個基因和插入突變有關。

1.2 插入突變基因基因特征分析

在知道了和食管癌相關的插入突變的結果之后，我們可以對這些結果先進行一下簡單的分析。

首先我們可以通過oncoplot來觀察突變的類型。

另外我們可以對這些有插入突變的基因進行富集分析。觀察突變的這些基因主要影響什么功能。

在對這個結果進行了簡單的分析之后，我們可以保存這個基因集的結果，以便后續進行的交叉分析。

重復以上篩選和分析的步驟，我們就可以分別得到三個癌種當中對于插入突變相關基因的結果了。

2. 多癌種交叉分析

在????的數據篩選和分析過程當中，我們可以獲得三個不同癌種當中和插入突變有關的基因數據集。這個時候，我們可以對這三個數據集進行交叉分析。來尋找和三個癌種都有關系的突變基因。

ICGC提供了交叉分析的入口。我們可以在Data Analysis當中使用Set Operations來進行交叉分析。在這里我們選擇Select就可以選擇數據集進行交叉了。

在Select里面選擇我們之后篩選獲得的三個數據集。點擊Run即可獲得結果。

最終我們可以發現有269個基因的插入突變在三個癌當中都有發生。

我們點擊結果當中的269即可查看所有的這些269個基因是什么。

3.數據的進一步分析

經過上面的分析，我們發現了有269個基因的插入突變會影響。但是我們研究的話，不能把269個基因都進行研究的。所以要挑選一個來進行研究的。在269個基因當中，有一些是反義鏈lncRNA。由于lncRNA也算比較火。所以我們就想要看哪個lncRNA的突變對于腫瘤有影響的。

所以我們在基因類型里面選擇反義鏈。最后發現了有13個反義鏈的lncRNA和三個癌癥有關。

進一步，為了說明突變的重要性，我們查看一下這幾個基因插入突變對于預后的影響。最后發現DIAPH3-AS1這個lncRNA的插入突變影響腫瘤的預后。

上述就是小編為大家分享的怎么利用ICGC數據庫來尋找一個突變相關課題了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。