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小編給大家分享一下mSignatureDB是一個什么數據庫，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
mSignatureDB是一個腫瘤突變特征的數據庫，以COSMIC數據庫中收錄的30種突變特征作為參照，分析了來自TCGA和ICGC中約15000多個腫瘤樣本中這30種突變特征的構成。
數據庫的網址如下
http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb/Browse/
通過Browse菜單，可以查看腫瘤樣本中30種突變特征的構成，分成了以下3個層次
project
primary site
country
sample
結果以氣泡圖的形式呈現， 鼠標點擊可以看到每個特征的具體貢獻率，示意如下
通過Search按鈕，可以查看以下信息
給出了對應的突變頻譜，結果示意如下
Transition/Transversion, 簡稱Ti/Tv, 表示置換/顛換比值， 結果示意如下
將signature的構成作為每個腫瘤樣本的特征，對樣本進行聚類，并探究與臨床信息的關系， 以腫瘤不同階段為例，結果示意如下
通過Analysis菜單，可以上傳自己的體細胞突變數據，進行以下兩種分析
deconstructSigs，檢測樣本中30種 COSMIC refernce突變特征的構成
WTSI Mutational Signature Framework, 利用和COSMIC相同的算法來識別mutation signatures, 本質上是通過調用mutSignatures這個R包來實現
通過該數據庫不僅可以查看TCGA腫瘤樣本中突變特征的構成，也可以對自己的數據進行突變特征的相關分析。
以上是“mSignatureDB是一個什么數據庫”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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