溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要介紹TiED數據庫有什么用，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！
TiED是一個人類增強子數據庫，對10種不同組織中的增強子表進行定量和分析，鑒定了增強子的組織特異性，網址如下
http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/
首先綜合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的結果來識別增強子區域，從Roadmap和ENCODE下載chip_seq數據進行分析，將在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范圍內，含有較高H3K4me1修飾水平，較低H3K4me3水平的基因組區域作為候選的增強子區域，然后過濾掉與蛋白編碼基因TSS位點上游1kb存在overlap的增強子，得到最終的增強子區域。
對于增強子區域，提供了以下幾種注釋信息
SNP位點注釋
提供了增強子區域內存在的SNP位點的注釋
轉錄因子注釋
對潛在的調控增強子的轉錄因子進行注釋
靶基因注釋
將增強子上下游100kb范圍內的蛋白基因定義為該增強子可能的靶基因
靶基因組織特異性注釋
根據GTEx項目提供的基因表達量信息，分析增強子的靶基因在下圖所示的10種組織中的表達情況，并計算組織特異性
根據靶基因的組織特異性，將增強子劃分為以下3類
specific enhancer
ubiquitous enhancer
other enhancer
其中specific ehhancer簡寫為TS enhancer, ubiquitous enhancer簡寫為UE enhancer。
其次結合CAGE測序的結果來識別增強子對應的RNA,即eRNA. 如果CAGE測序的peak位于增強子區域，說明該增強子轉錄產生了eRNA。
通過首頁的檢索框，可以根據組織，轉錄因子，基因名稱或者基因組位置對數據庫進行檢索。以Heart組織為例，結果示意如下
增強子編號以enh前綴加數字編號開頭，提供了基因組區域，eRNA注釋，組織特異性注釋等信息。點擊增強子編號，可以查看以下幾種詳細信息
通過Browser菜單，可以查看某個組織內的TF-enhancer-gene調控網絡，示意如下
該數據庫中的信息是免費下載的，通過該數據庫，除了增強子基因組區域的基本注釋外，還可以得到轉錄因子和增強子的調控關系，以及增強子和基因的調控關系。
以上是“TiED數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！希望分享的內容對大家有幫助，更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
