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這篇文章主要介紹了Cistrome DB數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
Cistrome的目標是提供一個基因組順式作用元件分析的綜合性數據庫，通過收集來自GEO,ENCODE等公共數據庫中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始數據，采用統一的分析方法，用bwa比對參考基因組，然后采用macs2進行peak calling, 將分析的結果加以整合，做成了在線數據庫，整個數據庫的構建過程和功能模塊示意如下
網址如下
http://cistrome.org/db/
該數據庫中收錄的人和小鼠的相關數據匯總如下
從數量來看，cistrome可以說的上是收錄的chip類型最多的數據庫了。
通過首頁的檢索工具，我們可以查看特定數據分析結果，可以通過關鍵詞檢索，也可以通過物種，來源，因子類型一步步限定搜索范圍，示意如下
在檢索結果中勾選感興趣的數據集，可以查看詳細信息，以一個CTCF轉錄因子的chip數據為例，結果包含以下幾個部分
數據的QC情況，包括unique mapping比例，PBC, FRiP, peak在exon等基因組區域的分布比例等，示意如下
motif分析結果，示意如下
點擊每個motif的編號，可以查看詳細信息，示意如下
潛在的靶基因，示意如下
同時還可以在基因組瀏覽器中查看數據的分布，也可以下載分析的結果文件，示意如下
ToolKit菜單則提供了更加豐富的分析工具，具體如下
輸入基因名稱， 查看有哪些轉錄因子可能調控該基因
輸入基因組區域，查看有哪些轉錄因子可能結合在該區域
輸入peak結果，查看哪些轉錄因子的結果與你的輸入結果有明顯的overlap,可以用于轉錄因子的colocation分析
以第一個功能為例，輸入基因，確定TSS上下游的范圍作為潛在的調控區域，然后提交運行即可
除了table格式的結果外，還提供了圖片形式的結果展現，示意如下
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Cistrome DB數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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