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這篇文章給大家分享的是有關CSCD數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
CSCD收錄了腫瘤特異性的環狀RNA, 采用生物信息學手段分析87個腫瘤樣本中的circRNA, 并篩選出只在腫瘤患者中表達的環狀RNA,該數據庫的網址如下
http://gb.whu.edu.cn/CSCD/
目前共收錄了272152個腫瘤特異性的環狀RNA,在利用RNA_seq數據分析環狀RNA的過程中,使用了以下4款軟件來識別環狀RNA
CIRI
find_circ
circRNA_finder
circexplorer
在官網首頁,可以根據樣本,來源基因,細胞定位對結果進行篩選，示意如下
檢索結果中,每一行為一個circRNA,會給出circRNA來源基因名稱,對應的樣本名稱,所用軟件的名稱和對應的表達量。點擊每行的環狀RNA,在右側面板會給出來源基因和該環狀RNA的詳細信息,對于來源基因,詳細信息如下所示
這部分將基因結構進行可視化,矩形區域代表外顯子,黑色實線代表內含子,同時用曲線標記環狀RNA在來源基因上的位置,用折線代表可變剪切事件,示意如下
這部分給出基因的染色體位置,示意如下
這部分給出轉錄本的染色體位置,示意如下
這部分給出環狀RNA的染色體位置,示意如下
這部分給出可變剪切事件的染色體位置,示意如下
對于環狀RNA,詳細信息如下所示
這部分對環狀RNA的結構進行可視化,同時提供了對應的miRNA結合位點,蛋白結合位點,ORF區域的可視化,示意如下
這部分給出環狀RNA的染色體位置,示意如下
MRE代表miRNA的結合位點,采用targetscan軟件進行預測,結果如下所示
RBP代表RNA binding protein,采用HITS_CLIP測序數據得到,示意如下
ORF代表開發閱讀框,用于分析circRNA的編碼潛能,結果如下所示
該數據庫的數據是可以免費下載的,其分析腫瘤特異性的思路以及針對環狀RNA的分析內容值得借鑒。
感謝各位的閱讀！關于“CSCD數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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