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lncRNome數據庫有什么用

發布時間:2022-01-15 17:13:23 來源:億速云 閱讀:150 作者:小新 欄目:大數據

小編給大家分享一下lncRNome數據庫有什么用,相信大部分人都還不怎么了解,因此分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲,下面讓我們一起去了解一下吧!

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lncRNome是一個綜合性的人類lncRNA數據庫,中收錄了超過17000個lncRNA,網址如下

http://genome.igib.res.in/lncRNome/

在該數據庫中,提供了以下幾種lncRNA的信息

  1. 染色體位置

  2. 基因類型

  3. 功能描述

  4. 相關疾病


除此之外,利用多組學分析,還提供了以下兩種信息

  1. lncRNA相互作用的蛋白

  2. lncRNA上的SNP位點

  3. lncRNA上的甲基化位點/組蛋白修飾區域


官網提供了多種檢索方式,可以通過lncRNA Id, 染色體編號,基因類型等方式進行檢索,示意如下

lncRNome數據庫有什么用

HOTAIR為例,檢索結果包含以下信息

1. 基本信息

這部分包含了lncRNA的name, 類型,染色體定位,長度,相關疾病,文獻等信息,示意如下

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2. 序列和二級結構

lncRNA的序列來自UCSC,二級結構采用RNAfold軟件預測得到,示意如下

lncRNome數據庫有什么用

3.  與蛋白質的相互作用

lncRNome數據庫有什么用

4. 位于lncRNA區域的SNP位點

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5. 相關的表觀修飾

包含了甲基化和組蛋白修飾信息,示意如下

lncRNome數據庫有什么用

該數據庫是免費下載的,可以下載以下數據

lncRNome數據庫有什么用


以上是“lncRNome數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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