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小編給大家分享一下lncRNome數據庫有什么用,相信大部分人都還不怎么了解,因此分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲,下面讓我們一起去了解一下吧!
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lncRNome是一個綜合性的人類lncRNA數據庫,中收錄了超過17000個lncRNA,網址如下
http://genome.igib.res.in/lncRNome/
在該數據庫中,提供了以下幾種lncRNA的信息
染色體位置
基因類型
功能描述
相關疾病
除此之外,利用多組學分析,還提供了以下兩種信息
lncRNA相互作用的蛋白
lncRNA上的SNP位點
lncRNA上的甲基化位點/組蛋白修飾區域
官網提供了多種檢索方式,可以通過lncRNA Id, 染色體編號,基因類型等方式進行檢索,示意如下
以HOTAIR
為例,檢索結果包含以下信息
這部分包含了lncRNA的name, 類型,染色體定位,長度,相關疾病,文獻等信息,示意如下
lncRNA的序列來自UCSC,二級結構采用RNAfold
軟件預測得到,示意如下
包含了甲基化和組蛋白修飾信息,示意如下
該數據庫是免費下載的,可以下載以下數據
以上是“lncRNome數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!
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