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LncRNA2Target數據庫有什么用

發布時間:2022-01-17 09:58:25 來源:億速云 閱讀:196 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要介紹LncRNA2Target數據庫有什么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

lncRNA在基因表達調控中發揮重要作用,研究lncRNA調控的靶基因,有兩種研究策略,一種是通過傳統的實驗手段分析lncRNA結合的蛋白質,從而確定lncRNA與蛋白編碼基因的相互作用,常用的手段有以下幾種

  1. immunoprecipitation assays

  2. RNA pull down assays

  3. luciferase reported assays


另外一種手段就是通過敲低或者過表達某個lncRNA, 然后檢測處理前后差異表達的基因,將差異表達的基因作為該lncRNA的靶基因, 通過芯片或者高通量測序都可以。

LncRNA2Target數據庫收集整理了已經發表的lncRNA靶基因數據,最新版本為v2.0, 網址如下

http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp

涵蓋了人和小鼠中的lncRNA靶基因,通過Browse菜單,可以查看對應的結果,示意如下

LncRNA2Target數據庫有什么用

通過Search菜單,可以方便的檢索數據庫,示意如下

LncRNA2Target數據庫有什么用

該數據庫提供了下載功能,分別提供了傳統實驗和高通量兩種手段分析的lncRNA靶基因文件,對應以下 兩個文件

  1. lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx

  2. lncRNA_target_from_high_throughput_experiments.txt


對于高通量數據,還給出了對應的GEO編號,表達譜數據和差異分析的結果,示意如下

LncRNA2Target數據庫有什么用

通過該數據庫,不僅可以查詢lncRNA的靶基因信息,還學到了研究lncRNA靶基因的思路。

以上是“LncRNA2Target數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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