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miRDB數據庫有什么用

發布時間:2022-01-17 10:16:53 來源:億速云 閱讀:524 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要介紹miRDB數據庫有什么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

miRDB通過MirTarget這個軟件預測了人,小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息,并將其整理成了數據庫,網址如下

http://www.mirdb.org/

該數據庫中涵蓋的物種如下

  1. huaman

  2. mouse

  3. rat

  4. dog

  5. chicken


每個物種相關的miRNA和靶基因數量統計如下

miRDB數據庫有什么用

除了提供軟件預測的靶基因結果外,該數據庫還做了一個文獻整理的工作,將報導了miRNA前體或者成熟miRNA功能的相關文獻收集整理,匯總形成了一個miRNA功能數據庫,稱之為FuncMir, 該數據庫包含了人和小鼠這兩個物種中的miRNA信息,示意如下

miRDB數據庫有什么用

點擊紅色鏈接可以查看詳細信息和相關的pubmed文獻。
官網提供了兩種檢索功能

1. target search

該功能一次只可以檢索一個miRNA后者gene, 檢索框如下所示

miRDB數據庫有什么用

2. target mining

該功能用于一次檢索多個miRNA或者gene,檢索框如下所示

miRDB數據庫有什么用

檢索結果如下所示

miRDB數據庫有什么用

結果會按照TarGetScore進行排序,由于是軟件預測的結果,score值越高,可信度也越高。通常認為score大于80的結果是相對可靠的,而低于60的話可信度就很差了。

該數據庫提供了下載功能,可以方便的下載數據庫中的所有信息,示意如下

miRDB數據庫有什么用

miRDB本質上是一個軟件預測的miRNA靶基因數據庫,如果只看這一個數據庫,結果的假陽性率會比較高,最好的做法是結合多個軟件預測或者數據庫的結果,類似miRWalk數據庫的思路,來彌補單一軟件算法的不足之處。

以上是“miRDB數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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