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miRTarBase數據庫有什么用

發布時間:2022-01-15 15:49:27 來源:億速云 閱讀:417 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章將為大家詳細講解有關miRTarBase數據庫有什么用,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

miRTarBase是一個手工收集的,經過實驗驗證過的miRNA靶基因數據庫,網址如下

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

如下圖所示,miRTarBase最新版本為V7.0, 于2017年9月15號更新,共收錄了23個物種。4076 個miRNA, 23054 個基因,422517 個靶基因相互作用

miRTarBase數據庫有什么用

通過Browse功能,可以利用以下四種方式瀏覽數據庫中的內容

  1. miRNA ID

  2. Target Gene

  3. Disease

  4. Species


Statistics提供了每個物種對應的miRNA靶基因情況,示意如下

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以Human為例,共收錄了2599 個miRNA, 這些miRNA 的靶基因的集合共有15064 個,而人一共有2萬多個蛋白編碼基因,接近80%都受到miRNA的調控,可見 miRNA調控機制的廣泛性和重要性。

對于miNRA-Target Gene , 共有380639 條記錄, 平均每個miRNA有380639 / 2599=146個靶基因, 而每個基因平均受到380639 / 15064 = 25 個 miRNA的調控。

Search功能則提供了多種檢索方式

1. By miRNA

以mirBase數據庫中的miRNA ID進行檢索,示意如下

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2. By Target Gene

以Gene Symbol進行檢索,示意如下

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3. By Pathway

以kegg pathway通路進行檢索,示意如下

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4. By Validated Method

以各種驗證miRNA和靶基因相互作用的手段進行檢索,示意如下

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5.  By Disease

以疾病進行檢索,示意如下

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6. Advanced Search

高級檢索功能,支持一次檢索多個miRNA或者基因,示意如下

miRTarBase數據庫有什么用
檢索結果如下所示

miRTarBase數據庫有什么用

對于每條miRNA靶基因的記錄, 都會賦予1個唯一的 miRNA-target interactions (簡稱MTs) 編號,比如MIRT000287,對于檢索結果,可以根據實驗證據的可靠性,進行篩選。

miRTarBase不僅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同時也提供了文獻報道的miRNA和疾病之間的相關信息。

關于“miRTarBase數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,使各位可以學到更多知識,如果覺得文章不錯,請把它分享出去讓更多的人看到。

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